Theo ban tổ chức, Chương trình được triển khai trên qui mô toàn quốc. Theo đó, tất cả các doanh nghiệp, các đơn vị nghiên cứu, các trường đại học và các cơ sở đào tạo trong ngành nếu có các sản phẩm, dịch vụ tốt đều có thể đăng ký tham dự.

Hồ sơ các sản phẩm, dịch vụ được đề cử sẽ được đánh giá, thẩm định, chọn lựa qua 3 vòng gồm: sơ tuyển, thẩm định thực tế và chung tuyển. Hội đồng bình chọn bao gồm đại diện các cơ quan quản lý nhà nước, viện nghiên cứu, các chuyên gia CNTT và đại diện báo chí chuyên ngành.

Các sản phẩm, giải pháp phần mềm và dịch vụ CNTT sẽ được đánh giá, bình chọn theo 5 nhóm gồm: Các sản phẩm, giải pháp phần mềm thương mại. Các giải pháp thương mại điện tử. Các dịch vụ CNTT tiêu biểu. Các sản phẩm, giải pháp phần mềm mới của Việt Nam 2011 - 2012 và các sản phẩm và dịch vụ phần mềm nước ngoài tiêu biểu được ứng dụng tại Việt Nam.

Sau khi bình chọn, các sản phẩm, dịch vụ tốt nhất đạt xếp hạng 4 sao và 5 sao sẽ được công nhận và trao Danh hiệu Sao Khuê 2012. Trong chương trình bình chọn năm 2011, đã có 56 sản phẩm, dịch vụ  được trao danh hiệu Sao Khuê (gồm 55 sản phẩm, dịch vụ được xếp hạng 4 sao và 1 sản phẩm xếp hạng 5 sao).